Ooievaars brengen baby's ter wereld... of tenminste, dat deden ze vroeger. Nu leveren ze pakketten voor de wereldwijde internetwinkelketen Cornerstore.com. Junior (Andy Samberg), de beste ooievaar van het bedrijf, staat op het punt gepromoveerd te worden als de Babyfabriek per ongeluk tijdens zijn dienst wordt geactiveerd en er een schattig - en geheel ongeoorloofd - babymeisje wordt geboren.

Junior en zijn vriendin Tulip, de enige mens op de ooievaarsberg, zijn wanhopig op zoek naar de eerste baby die ze kunnen afleveren, in een wilde en onthullende reis die meer dan één familie kan genezen en de ooievaars hun ware missie in de wereld kan teruggeven.