Wanneer een mysterieuze poort plotseling verschijnt in het Ginza district van Tokyo en gewapende krijgers en vliegende monsters begint uit te spuwen, wordt de wereld in rep en roer gebracht. Hoewel de dodelijke aanval wordt afgeslagen door de Japanse zelfverdedigingsmacht, ligt er nu een nieuw en volkomen onbekend land aan de andere kant van de poort, en is Japan in feite in oorlog met een natie aan de andere kant.
Vastbesloten om de vrede te bewaren, moet de JSDF een gewapende troepenmacht naar de Poort sturen, maar ogres, draken en een meedogenloos Rijk bevolkt door elfen, mensen en half-dierlijke krijgers zijn niet de enige gevaren waarmee ze te maken zullen krijgen. Met de rijkdommen van twee werelden op het spel is het machtsevenwicht aan beide zijden van de Poort destabiliserend, en verraad kan op elk moment komen, van elke kant. Daar, gevangen in het midden van de daaropvolgende vuurstorm, staat officier Yoji Itami en het derde verkenningsteam van de JSDF terwijl ze zich in de GATE storten.