Na jarenlange atoomproeven in de Stille Oceaan, wordt er een onbekend beest gespot in het Panamakanaal. De wetenschapper Niko Tatopolous wordt opgeroepen om de zaak te onderzoeken. Hij komt al snel tot de conclusie dat een gigantische, bestraalde hagedis is ontstaan door de explosies. Godzilla(r) trekt vervolgens naar het noorden, belandt in Manhattan en richt een ware ravage aan in de grote stad. Zelfs met behulp van het Amerikaanse leger is het monster moeilijk onder controle te houden. Kunnen de inwoners van New York gered worden?