Homeland Seizoen 3 begint na de vreselijke terreuraanslag die het Amerikaanse inlichtingenapparaat volledig uitdunde. Een globale klopjacht wordt geopend op 's werelds meest gezocht terrorist, Nick Brody, terwijl Carrie en Saul de brokken van hun persoonlijke en professionele leven bij elkaar proberen te rapen. Ze raken gevangen in een web van media en politieke onrust als gevolg van de recente terreuraanslag en de zoektocht naar Brody.