Na het verijdelen van een terroristische aanslag op het station Hauptbahnhof in Berlijn tijdens de climaxfinale van seizoen vijf, begint seizoen zes enkele maanden later na de recente verkiezing van de nieuwe president van de Verenigde Staten.  Carrie Mathison is terug op Amerikaanse bodem, woont in Brooklyn, NY, en werkt bij een stichting die hulp biedt aan de moslimgemeenschap die in de Verenigde Staten woont.  Terwijl haar vervreemde mentor Saul Berenson en Dar Adal voorbereidingen treffen voor de nieuwe gekozen president, herstelt Quinn, die zich aan het eind van het vorige seizoen aan het leven vastklampte, in de Verenigde Staten.