Wat betekent het echt om een magisch meisje te zijn?

Madoka Kaname is een achtste-klasser die een vredig, plezierig leven leidt als student, omringd door haar geliefde familie en haar beste vrienden. Op een dag komt Homura Akemi, een overgeplaatste studente, in Madoka's klas. Zij is een donkerharige schoonheid met een enigszins mysterieus karakter. Kort nadat ze Madoka voor het eerst ontmoet heeft, geeft Homura Madoka een vreemde waarschuwing. Madoka ontmoet ook Kyubey, een mysterieus uitziend wit wezen. Hij zegt: "Sluit een contract met mij en word een magisch meisje!" Om elke wens uit te laten komen - Madoka wist niet wat dit wonder betekende, noch wat het zou kosten. Een dreigend verlies zorgt voor een drastische verandering in haar lot...