Hoewel Kirito SAO achter zich liet en terugkeerde naar zijn echte leven, was zijn avontuur nog lang niet voorbij. Kirito ontdekte dat Asuna in een coma lag in het ziekenhuis. Ondertussen probeert Nobuyuki Sugou van RECTO, het bedrijf dat het eigendom van SAO heeft overgenomen, met Asuna te trouwen terwijl zij in coma ligt. Als hij hoort dat Asuna is gesignaleerd in het virtuele spel Alfheim Online (ALO), besluit Kirito om zich opnieuw in de virtuele wereld te storten. Met de hulp van Leafa haast Kirito zich naar de Wereldboom waar Asuna gevangen zou zitten.