Voyager reist door het onbekende Deltakwadrant en ontmoet vrienden en vijanden op de lange weg naar huis.

In de eerste acht afleveringen van Marvel's serie helpt de bemanning een groep Talaxians, moeten ze een op hol geslagen holodeck afhandelen, ontsnappen aan de Kazon, en het opnemen tegen een mysterieus buitenaards wezen dat het op Captain Janeway gemunt heeft.

Voyager ontmoet ook voor het eerst de Borg. Het is een vijand die de bemanning alleen van geruchten kent, maar die hen tijdens hun hele reis zal achtervolgen.