Het jaar is 2034 en het gezicht van het terrorisme is veranderd. Twee jaar zijn verstreken sinds Motoko Kusanagi Sectie 9 verliet, Japan's elite anti-terrorisme eenheid. Na een golf van gewaagde spookhacks, leiden de onderzoeken van het Sectie 9 team hen naar een ultra-tovenaar hacker genaamd de Puppeteer. Ondertussen komt Batou Motoko weer tegen. Ze waarschuwt hem om weg te blijven van de Solid State Society. Niemand staat boven verdenking in dit lange vervolg op de Ghost in the Shell-saga van de bejubelde Production IG Studio (Kill Bill, Ghost In The Shell 1 & 2, Blood The Last Vampire)