GX speelt zich enkele jaren na de vorige Yu-Gi-Oh! serie af en volgt een nieuwe generatie duellisten op de prestigieuze Duel Academy - een zeer competitieve kostschool waar potloden en boeken zijn vervangen door Duel Disks en monsterkaarten! Maar het gaat er niet alleen om dat deze aankomende studenten het halen - het gaat erom dat ze de volgende koning van het spel worden!