In Men in Black 3 zijn de agenten J [Will Smith] en K [Tommy Lee Jones] terug... op tijd. J heeft in zijn 15 jaar bij de Mannen in het Zwart een aantal onverklaarbare dingen gezien, maar niets, zelfs geen buitenaardse wezens, verbijstert hem zozeer als zijn wrange, terughoudende partner. Maar wanneer K's leven en het lot van de planeet op het spel worden gezet, zal Agent J terug in de tijd moeten reizen om alles recht te zetten. J ontdekt dat er geheimen zijn in het universum die K hem nooit heeft verteld - geheimen die zich zullen openbaren als hij samenwerkt met de jonge Agent K [Josh Brolin] om zijn partner, het agentschap en de toekomst van de mensheid te redden.