De muis van Sherlock Holmes, Basil, woont in de kelder van 221B Baker Street, net onder de grote man zelf. Ingehuurd om een ontvoerde speelgoedmaker op te sporen, moeten Basil en zijn trouwe hulpje Dawson het al snel opnemen tegen hun aartsvijand Professor Ratigan. Het lijkt erop dat Ratigan de speelgoedmaker wil gebruiken om een mechanische replica van de koningin te maken, die de schurk het recht zal geven over knaagdier Londen te heersen - maar niet als Basil een manier kan vinden om hem te stoppen.