Mars. Dagen voor Halloween 2071. Schurken blazen een tankwagen op Highway One op, waardoor een dodelijk virus vrijkomt dat honderden slachtoffers maakt. Uit vrees voor een grotere, nog verwoestender biochemische aanval, wordt een astronomische beloning uitgeloofd voor de arrestatie en aanhouding van de persoon achter de vernieling. Op het ruimteschip "Bebop" vervelen Spike Spiegel en zijn bemanning van premiejagers (Jet Black, Faye Valentine, Ed en Ein) zich en zitten ze krap bij kas. Maar met het nieuws van de beloning verandert alles. Gebaseerd op de razend populaire TV serie, Cowboy Bebop, het grote scherm Cowboy Bebop: The Movie zet Spike en co. tegen hun dodelijkste tegenstander ooit. Met verbluffende, state-of-the-art animatie bouwt dit actievolle sci-fi avontuur zich op naar een adembenemende, nagelbijtende climax, die je gegarandeerd op het puntje van je stoel zal laten zitten.