De jonge Mary volgt een mysterieuze kat naar het nabijgelegen bos en ontdekt een oude bezemsteel en de vreemde bloem Fly-by-Night, een zeldzame plant die eens in de zeven jaar bloeit. Samen brengen de bloem en de bezemsteel Mary boven de wolken en ver weg naar het Endor College, een toverschool geleid door directrice Madam Mumblechook en de briljante Doctor Dee. Maar er gebeuren vreselijke dingen op de school, en wanneer Mary een leugen vertelt, moet ze haar leven riskeren om te proberen alles recht te zetten.
 
Extra's:

• NTV Special: Het scheppen van Mary en de Heksenbloem
• Een speciaal gesprek: SEKAI NO OWARI, Hiromasa Yonebayashi, en Yoshiaki Nishimura
• Persconferentie over de voltooiing van de film
• Theatrical Promotional Movie
• Interview met de filmmakers (Hiromasa Yonebayashi en Yoshiaki Nishimura)
• Aanhangwagens
• TV Spots
• Boekje
• Kunstkaarten

 Inclusief audio beschrijving