De ware betekenis van een magisch meisje zijn!

De jonge meisjes hebben de waarheid ontdekt... het wrede lot van een magisch meisje. Madoka's beste vriendin, Sayaka Miki's Soul Gem wordt pikzwart als de eigenaar wanhopig wordt en het in een Grief Seed wordt getransformeerd. Bij het zien van dit lot, probeert Kyoko Sayaka te redden, en offert uiteindelijk haar eigen leven op. Het ene magische meisje na het andere wordt vernietigd.

Door dit alles heen is er één magisch meisje dat alleen blijft vechten - Homura Akemi. Al die tijd heeft ze met één doel voor ogen gehandeld. Ik beloof... Ik ga je redden, wat er ook voor nodig is." Homura hernieuwt haar gelofte. En dan gebeurt het, een wonder krachtig genoeg om het lot van het universum te doen wankelen...