Na een tragische jeugd heeft Chise Hatori alle hoop op geluk verloren totdat een mysterieuze tovenaar genaamd Elias interesse toont in haar aanleg voor magie. Om te overleven moet zij leren met haar krachten om te gaan terwijl Elias moet leren wat het betekent om mens te zijn. Zich niet bewust van wat hem te wachten staat, besluit hij haar zijn leerling en zijn bruid te maken.