Van meesterverteller Guillermo del Toro komt een buitenaards sprookje, tegen de achtergrond van de Koude Oorlog in Amerika rond 1962. In het verborgen overheidslaboratorium waar ze werkt, zit de eenzame Elisa (Sally Hawkins) gevangen in een leven van stilte en isolement. Elisa's leven verandert voorgoed wanneer zij en haar collega Zelda (Octavia Spencer) een geheim geheim experiment ontdekken.