In dit vervolg op "Lara Croft: Tomb Raider", Lara moet een gestolen schat terughalen om te voorkomen dat deze in de handen valt van Chen Lo, een schurkachtige baas van het syndicaat. Tijdens haar zoektocht naar antiquiteiten in een verzonken tempel, vindt Lara Croft een bol die de locatie van "Pandora's Box" bevat. Maar voordat ze de oppervlakte kan bereiken met haar vondst, steelt Chen Lo de bol en Croft moet op een zoektocht rond de wereld om hem terug te krijgen en de wereld te redden van het biologische wapen dat het syndicaat wil maken met de inhoud van de doos.