In DARK PHOENIX staan de X-MEN tegenover hun meest geduchte en machtige vijand: een van henzelf, Jean Grey. Tijdens een reddingsmissie in de ruimte wordt Jean bijna gedood wanneer ze wordt geraakt door een mysterieuze kosmische kracht. Eenmaal thuis, maakt deze kracht haar niet alleen oneindig veel krachtiger, maar ook veel onstabieler. Worstelend met deze entiteit in haar, ontketent Jean haar krachten op een manier die ze niet kan bevatten of beheersen. Jean raakt buiten controle en kwetst degenen van wie ze houdt. Ze begint het weefsel dat de X-Men bijeenhoudt te ontrafelen. Nu deze familie uit elkaar valt, moeten ze een manier vinden om zich te verenigen - niet alleen om Jean's ziel te redden, maar ook om onze planeet te redden van buitenaardse wezens die deze kracht willen bewapenen en over het heelal willen heersen.