Twee klassieke sciencefiction-saga's botsen als Star Trek de duistere dystopie van de Planeet der Apen gaat verkennen - met The Primate Directive. Het verhaal volgt Klingon-commandant Kor terwijl hij menselijke werelden in andere dimensies probeert te veroveren. Tijdens het onderzoek naar de toegenomen Klingon activiteiten, gaan kapitein Kirk en de bemanning van de U.S.S. Enterprise raakt verwikkeld in een conflict dat leidt naar een heel andere Aarde - een die wordt geregeerd door apen