Assiah, het rijk van de mensen, en Gehenna, het rijk van de demonen. Normaal zouden deze twee dimensies elkaar nooit kruisen, maar nu de demonen bezit hebben genomen van alle materiële substanties, dringen zij de materiële wereld binnen. Maar onder de mensen zijn er die demonen kunnen confronteren: de exorcisten. Rin Okumura, geboren als het gebroed van Satan, besluit zijn afkomst te verbergen en exorcist te worden. Hij schrijft zich in bij de Exorcism Cram School, een opleidingsinstituut voor exorcisten gevestigd op het terrein van de True Cross Academy. Maar zijn dekmantel wordt verraden tijdens een aanval van Amaimon, de Koning van de Aarde, en hij wordt onthuld de zoon van Satan te zijn. Doodsbang voor Satans blauwe vlammen, beginnen zijn vrienden afstand te nemen van Rin... Op dat moment steelt iemand het linkeroog van de Onzuivere Koning, dat in het diepste gedeelte van de academie is verzegeld, en Rin en de anderen raken verwikkeld in een onverwachte crisis...