Vijf kinderen uit de echte wereld zijn naar de digitale wereld geroepen om de 'legendarische geesten' te bemachtigen en zo de digitale wereld te redden van een van de drie heilige engelen, Cherubimon, die in opstand is gekomen tegen de andere twee. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei en Tomoki zijn de vijf uitverkoren kinderen uit de echte wereld die de geesten moeten gebruiken om "Spirit Evolve" te worden tot de legendarische krijgers zelf.