Takato Matsuki, Rika Nonaka, en Henry Wong zijn kinderen die op een noodlottige dag echte Digimon hebben gekregen, in tegenstelling tot de denkbeeldige in het kaartspel dat ze spelen. Elk van de kinderen, of 'Digimon Tamers', heeft zijn eigen mening over hoe Digimon behandeld moet worden. Maar wanneer andere Digimon in Japan beginnen te verschijnen, moeten ze hun verschillen opzij zetten om zowel de digitale indringers als diegenen die alle Digimon willen vernietigen te verslaan!