Het verhaal speelt zich af in een futuristisch Japan na het einde van een wrede wereldoorlog. De wetenschap is met sprongen vooruitgegaan, waardoor de mensheid de keuze heeft gekregen om het leven te verlengen en het lijden te verminderen door het gebruik van geavanceerde cybernetica. Met de hele mensheid verbonden in één systeem van geesten en persoonlijkheden bekend als geesten, is de grootste bedreiging voor de beschaving de cyberterroristen die in staat zijn de lichamen en herinneringen van mensen te kapen. Wanneer een virus dat geesten infecteert, Fire-Starter genaamd, zich door het systeem verspreidt en de Japanse premier vermoordt, worden majoor Motoko Kusanagi en haar eliteteam van speciale agenten opgeroepen om de bron op te sporen. Terwijl ze dieper en dieper in hun onderzoek graven, ontdekken ze sporen van corruptie bij de overheid en een schimmige makelaar die een maar al te bekend gezicht heeft. Als je doelwit overal kan zijn en op iedereen kan lijken, heb je maar één keuze: je geest vertrouwen en hopen dat jij niet ook besmet bent.