Naruto Uzumaki is terug! Na twee en een half jaar onderweg getraind te hebben met Jiraiya van de Sannin, is Naruto terug in het Dorp Verborgen in de Bladeren, en hij is klaar om zijn nieuwe vaardigheden te tonen. Hij en Sakura vormen een team om het op te nemen tegen hun oude meester Kakashi, die behoorlijk onder de indruk is van hun vooruitgang. Ze krijgen ruimschoots de kans om het in actie te brengen wanneer het nieuws uit het zanddorp arriveert dat Gaara, Naruto's vroegere rivaal en nu Kazekage van het zand, ontvoerd is! En de daders zijn precies dezelfde groep die achter Naruto aan zitten - de Akatsuki!