Ze kwamen aan in stilte en duisternis, neerdalend uit de hemel met een honger naar mensenvlees. Parasieten - buitenaardse wezens die een menselijke gastheer moeten binnendringen en overnemen om te overleven - zijn naar de Aarde gekomen. Niemand kent hun geheim, behalve de middelbare scholier Shinichi Izumi, wiens rechterhand is geïnvadeerd door een buitenaardse parasiet. Shinichi en Migi, de parasiet in zijn hand, sluiten met tegenzin vriendschap en raken verstrikt in een oorlog tussen mensen en parasieten.