Je bent niet alleen. Wanneer dan ook, voor altijd. Yuuta Hibiki is eerstejaars op de middelbare school en woont in Tsutsujidai. Op een dag wordt hij wakker zonder zijn herinneringen. Yuuta ontmoet later Hyper Agent GRIDMAN die in een oude computer zit. GRIDMAN zegt hem zijn doel te vervullen. Yuuta's zoektocht om de betekenis achter die woorden te begrijpen en zijn herinneringen terug te vinden begint. Terwijl dit alles plotseling gebeurt, krijgt Yuuta hulp van zijn klasgenoten, Shou Utsumi, Rikka Takarada, en Akane Shinjou, maar... Die vredige dagen worden genadeloos verwoest door een monster dat plotseling verschijnt.