Wanneer een ruimteschip in de haven van Gotham neerstort, stuiten Batman en Superman op een mysterieuze Kryptoniër met krachten die even groot zijn als die van Superman. Als Darkseid hier lucht van krijgt, laat hij de Kryptoniaan ontvoeren en onder zijn controle brengen op Apokolips. Het is aan Batman en Superman om de Kryptonian terug te vinden, waardoor ze moeten infiltreren in Darkseid's vijandige wereld waar superkrachtige bedreigingen om elke hoek op de loer liggen. Dit verhaal is gebaseerd op Jeff Loeb's populaire miniserie uit de Superman/Batman stripboeken.