Studeer, speel, vecht: Blue Reflection speelt zich af op een kleurrijke meisjes school, namelijk Hoshinomiya Girls´ High School. Spelers ervaren hier het dagelijkse school leven. Wanneer je in contact komt met iemand die ´unbalanced´ is opent er een portaal naar The Commons, een mysterieuze dimensie gevuld met demonische wezens. Hier kan je de problemen oplossen tussen de dimensies.