In Midgar, een stad bestuurd door de mega-conglomeraat Shinra Inc., is de nummer 1 Mako Reactor opgeblazen door een rebellengroep, AVALANCHE.

AVALANCHE werd in het geheim gevormd om in opstand te komen tegen Shinra Inc., een organisatie die Mako energie absorbeert en in het process de natuurlijke hulpbronnen van de planeet vernietigd. Cloud, een voormalig lid van Shinra's elite gevechtsteam, SOLDIER, was betrokken bij de aanslag op de Mako Reactor.

Kan Cloud en AVALANCHE de planeet beschermen van de enrome, geduchte vijand Shinra Inc.?