Op het duistere pad van de zwaardvechtkunst in een "futuristisch" maar toch feodaal Japan, wordt gezegd dat degene die nr. 1 wordt, de wereld zal regeren. Maar de enige regel in deze wereld is dat alleen de nr. 2 tegen de nr. 1 mag vechten. De Nr. 2, de Afro Samurai, reist de weg op zoek naar wraak op de man die zijn vader voor zijn ogen vermoordde toen hij nog maar een jongen was, een driearmige schutter die de heer is van de duistere zwaardvechtersweg en de huidige Nr. 1.